جامعہ ابن عمر ؓ کی 1422ھ بمطابق 2001ء میں ناگن چورنگی کے متوسط علاقہ میں شیخ التفسیر والحدیث استاذ العلماء حضرت علامہ مولانا مفتی محمد زرولی خان صاحب نور الله مرقده ( مہتمم جامعہ عربیہ احسن العلوم گلشن اقبال کراچی ) اور استاذ العلماء حضرت علامہ مولانا قاری مفتاح اللہ صاحب دامت برکاتہم العالیہ (استاذ الحدیث جامعة العلوم الاسلامیہ علامہ محمد یوسفؒ بنوری ٹاؤن ) نے بنفس نفیس تشریف لا کر اپنے دست مبارک سے اس دینی درسگاہ کی بنیاد رکھی ، جہاں اولا تحفیظ القرآن الكريم وناظرہ ، قاعدہ کی تعلیم کا سلسلہ شروع کیا گیا ، جامعہ کے مؤسسین کے اخلاص وللہیت، اور اکابرین امت کی خصوصی دعاؤں کے طفیل اللہ رب العزت نے جامعہ ہذا کو آج تک ایسی ترقی اور مقبولیت سے نوازا کہ موجودہ دور میں ادارہ بحمد اللہ تعلیمی میدان میں ترقیوں کی راہ پر گامزن ہے۔ انشاء اللہ العزیز قیامت تک خدمت قرآن کریم کے میدان میں ترقی کی منازل طے کرتا رہے گا۔
جامعہ کا اہم مقصد دور حاضر کے جدید تقاضوں کو مد نظر رکھتے ہوئے امت کے نونہالوں کودینی علوم وفنون(درسِ نظامی عالم کا کورس ،حفظِ قرآن،ناظرہ ،قاعدہ و علم تجوید ،اور عصری تعلیم)سے آراستہ کرنا ہے،اس کے ساتھ ساتھ ایمان و اعتقاد اور ضروری احکامات دینیہ سے روشناس کرنا، تا کہ علوم وفنون کے ساتھ طالب علم اپنے ایمان و اعتقاد کے اعتبار سے بھی مضبوط ہو جائے ، اور بچپن ہی سے اسلامی تہذیب و تمدن اور ثقافت کا لبادہ اوڑھتےہوئے خود کو اسلامی سانچہ میں ڈھال کر اپنی زندگی شرعی احکامات کے مطابق گزار سکیں ۔
جامعہ کے علاوہ جامعہ کی کل ۴ شاخیں ہیں۔ جن میں سب سے بڑی شاخ جامعہ ابن عمر ؓعباسی گوٹھ نزد خدا کی بستی ہے جس میں الحمد للہ شعبہ حفظ ، ناظرہ ، قاعدہ بنین و بنات اور شعبہ درس نظامی للبنين والبنات (لڑکے/لڑکیاں)، اور شعبہ اسکول شامل ہیں ، جامعہ کی دوسری شاخ جامع مسجد سعیدہ نزد سرجانی چورنگی کے قریب واقع ہے۔جامعہ کی تیسری شاخ جامعہ عربیہ امام محمد ؒکے نام سے گلشن سرجانی میں واقع ہےجس میں درسِ نظامی ،حفظِ قرآن وناظرہ قاعدہ بنین وبنات کی تعلیم ہوتی ہے۔جامعہ کی چوتھی شاخ جامع مسجد عبدالجبار کے نام سے سرجانی ٹاؤن سیکٹر 4-A میں واقع ہے۔
جامعہ کے بانی حضرت مولانا مفتی عبد اللہ حارث و حضرت مولانا مفتی محمد سعد فاروقی صاحب نے مجلس شوری کی ترتیب قائم کی ہوئی ہے جس میں جامعہ کے منتخب اساتذہ شامل ہیں ۔ جن سے جامعہ کے معاملات کے متعلق مشاورت کی جاتی ہے، اس مجلس میں انتظامی تعلیمی اور درسی امور کےمتعلق مشورہ ہوتا رہتا ہے۔
الحمد للہ جامعہ کا اہتمام اور نظم ونسق خیر و خوبی سے چلا رہے ہیں اور اپنے اکابر کی منشاء اور امیدوں کے مطابق جامعہ کو ترقی دے رہے ہیں۔
مہتمم صاحبان کی ہمیشہ یہ کوشش رہی ہے کہ جامعہ کے لئے با کمال، تجربہ کار اور مخلص اساتذہ کرام کا انتخاب ہو، اللہ کے فضل و کرم سے جامعہ کے تمام اساتذہ مخلص ومحنتی ہیں جنہوں نے اپنے آپ کو علم دین اور قرآن کی خدمت کے لئے وقف کر رکھا ہے ۔